基因發(fā)明專利申請案例分析：基因序列已知的創(chuàng)新性審查意見答復(fù)
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名稱：一個(gè)與耐逆相關(guān)的水稻海藻糖合酶基因的克隆及應(yīng)用
申請?zhí)枺?00810056041.7
申請日：2008年1月11日
上述專利經(jīng)過國家知識產(chǎn)權(quán)局實(shí)質(zhì)審查后被駁回，理由是該申請不具備專利法第二十二條第三款所規(guī)定的創(chuàng)造性。
駁回決定所針對的權(quán)利要求1如下：
“1、來源于水稻的基因在培育耐逆性植物中的應(yīng)用，所述基因編碼的蛋白質(zhì)的氨基酸序列為序列表中SEQ ID NO：1 N-端缺失第1至40位氨基酸殘基的氨基酸序列或?yàn)镾EQ ID NO：1 N-端缺失第1至130個(gè)氨基酸殘基的氨基酸序列。”
引用的對比文件：
對比文件1：大腸桿菌海藻糖合成酶基因?qū)μ岣邿煵菘鼓嫘阅艿难芯浚餍阌竦龋⑸飳W(xué)報(bào)，第41卷第4期，第427-431頁，公開日為2001年8月；
對比文件2：NCBI數(shù)據(jù)庫序列，登錄號：EAY98715，公開日2007年02月09日。
駁回決定認(rèn)為：
權(quán)利要求1請求保護(hù)來源于水稻的基因在培育耐逆性植物中的應(yīng)用。對比文件1公開了大腸桿菌海藻糖合成酶基因提高煙草抗逆性的應(yīng)用。權(quán)利要求1與對比文件1的區(qū)別在于：權(quán)利要求1采用水稻來源的海藻糖-6-磷酸合酶。
對比文件2公開了一種來源于水稻的蛋白，該蛋白序列與本申請中SEQ ID NO：1中第131-985位完全相同。同時(shí)對比文件2指出該蛋白4-478或4-469為海藻糖-6-磷酸合酶（即TPS）的結(jié)構(gòu)域。
雖然對比文件2并未公開該蛋白是海藻糖-6-磷酸合酶，但是由于其具有海藻糖-6-磷酸合酶結(jié)構(gòu)域，因此本領(lǐng)域技術(shù)人員可以通過常規(guī)的技術(shù)手段檢測該蛋白是否為海藻糖-6-磷酸合酶（如將該蛋白進(jìn)行體外表達(dá)進(jìn)行酶活檢測），這對本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是顯而易見的。
同時(shí)為了方便操作，將引物位置設(shè)置在起始密碼子上游以保證蛋白的完整性，也是本領(lǐng)域慣用的技術(shù)手段。而選擇其上游的390個(gè)核苷酸（即130個(gè)氨基酸）也沒有給整個(gè)技術(shù)方案帶來預(yù)料不到的技術(shù)效果。
由此可知，在構(gòu)建轉(zhuǎn)基因耐逆植物時(shí)，本領(lǐng)域技術(shù)人員有啟示采用常規(guī)技術(shù)手段擴(kuò)增并且驗(yàn)證對比文件2中的蛋白是否為海藻糖-6-磷酸合酶，并將對比文件1中來源于大腸桿菌的海藻糖-6-磷酸合酶替換為對比文件2中的來源于水稻的海藻糖-6-磷酸合酶。
因此在對比文件1的基礎(chǔ)上結(jié)合對比文件2以及本領(lǐng)域的公知常識獲得權(quán)利要求1的技術(shù)方案是顯而易見的。因此權(quán)利要求1不具有突出的實(shí)質(zhì)性特點(diǎn)和顯著的進(jìn)步，不符合專利法第二十二條第三款有關(guān)創(chuàng)造性的規(guī)定。
申請人對駁回決定不服，向?qū)＠麖?fù)審委員會提出復(fù)審請求，認(rèn)為本申請具備創(chuàng)造性。
合議組經(jīng)審查認(rèn)定的事實(shí)如下：
對比文件1公開了大腸桿菌的海藻糖合成酶（其功能是催化UDP-葡萄糖和6-磷酸葡萄糖合成6-磷酸海藻糖）otsA基因通過植物轉(zhuǎn)化的方法轉(zhuǎn)入煙草中，提高煙草耐逆性的方法。
權(quán)利要求1與對比文件1的區(qū)別在于，轉(zhuǎn)入植物中的基因序列不同。權(quán)利要求1實(shí)際解決的技術(shù)問題是將水稻來源的基因進(jìn)行轉(zhuǎn)基因操作，誘導(dǎo)植物耐逆性。
對比文件2公開了一種來自水稻的蛋白序列，共855個(gè)氨基酸，該序列與權(quán)利要求1中所述的Δ(1-130)的氨基酸序列相同，比權(quán)利要求1中所述的Δ(1-40)少90個(gè)氨基酸。對比文件2中對于包含855個(gè)氨基酸的完整序列的描述為“假定的蛋白”；對于其第4-478位氨基酸區(qū)描述為“海藻糖-6-磷酸合成酶；暫定的”；對于其第524-739位氨基酸區(qū)描述為“鹵酸脫鹵素酶樣水解酶”。
因此，權(quán)利要求1是否具備創(chuàng)造性的爭議焦點(diǎn)在于，本領(lǐng)域技術(shù)人員是否有動機(jī)將對比文件2公開的蛋白序列的編碼基因引入對比文件1的方法中，誘導(dǎo)植物耐逆性。
對此合議組認(rèn)為：
首先，對比文件2公開的蛋白僅是推測蛋白，并沒有明確驗(yàn)證其功能為“海藻糖-6-磷酸合成酶”；
其次，對比文件2公開的推測蛋白的一部分暫定為“海藻糖-6-磷酸合成酶”，該推測的功能僅僅基于序列分析得出，蛋白中含有某功能區(qū)域并不意味著該蛋白必然有該功能，例如很多前體蛋白剛被分泌出來的時(shí)候沒有功能，在去除一些氨基酸后才具備相應(yīng)功能，而且，基于序列分析推測的功能的準(zhǔn)確性很難確定，對比文件1中公開的是來源于大腸桿菌的“海藻糖-6-磷酸合成酶”，在缺乏植物來源“海藻糖-6-磷酸合成酶”的結(jié)構(gòu)和功能研究的現(xiàn)有技術(shù)的情況下，本領(lǐng)域技術(shù)人員僅根據(jù)對比文件2很難確定該推測結(jié)構(gòu)域功能的準(zhǔn)確性；
第三，對比文件2公開的推測蛋白還含有“鹵酸脫鹵素酶樣水解酶”結(jié)構(gòu)域，這些功能域之間也可能相互作用，影響完整蛋白的功能，也就是說，本領(lǐng)域技術(shù)人員更加難以確定該完整蛋白的功能。
由于存在上述對基因功能的諸多推測和不確定性，本領(lǐng)域技術(shù)人員缺乏足夠動機(jī)將該推測蛋白的編碼序列導(dǎo)入植物誘導(dǎo)耐逆性。因此，駁回決定和前置審查意見認(rèn)為權(quán)利要求1相對于對比文件1和對比文件2的結(jié)合不具備創(chuàng)造性的理由不能成立。
分析：
本申請涉及基因?qū)＠暾埖膭?chuàng)造性判斷。基因?qū)＠囊粋€(gè)特點(diǎn)在于，隨著人類以及其它物種基因組圖譜繪制的完成，要想提出一段完全新穎的基因序列（或其編碼的蛋白序列）幾乎不可能了。專利申請中的任何一段序列，經(jīng)過在Genbank等數(shù)據(jù)庫中檢索，幾乎都可以找到全部或部分相同的、或者具有一定同源性的序列。本領(lǐng)域的研究目標(biāo)也從對于序列本身的探究進(jìn)一步深入到了對于序列的表達(dá)、調(diào)控、定位、功能以及功能域的研究上來。
雖然蛋白的高級功能由一級結(jié)構(gòu)決定，而蛋白又由基因所編碼，但人類根據(jù)基因的序列信息（其決定了蛋白的一級結(jié)構(gòu)），還無法直接確定其所編碼的蛋白的最終功能。因此，在目前的基因研究中，通過生化實(shí)驗(yàn)、細(xì)胞實(shí)驗(yàn)、動物實(shí)驗(yàn)測定基因的功能、表達(dá)、調(diào)控等仍舊是第一位的。
其余計(jì)算機(jī)等工具，可以將待研究的序列與已知功能的序列進(jìn)行對比，對其功能或功能域進(jìn)行預(yù)測，但預(yù)測出的“功能域”往往和多種已知蛋白的結(jié)構(gòu)域存在或高或低的同源性，而且同源性的高低也不直接決定最終的功能，這是因?yàn)橛袝r(shí)一個(gè)關(guān)鍵位置的改變就可能導(dǎo)致蛋白功能的巨大變化。
因此，計(jì)算機(jī)預(yù)測雖然有助于確定研究方向，但其終究還只能作為一個(gè)輔助手段，這使得基因?qū)W的研究仍屬于典型的實(shí)驗(yàn)科學(xué)。
由于實(shí)驗(yàn)科學(xué)具有高度不可預(yù)測性，所以在涉及基因的發(fā)明創(chuàng)造性的判斷中，應(yīng)充分考慮到這種特點(diǎn)，對于創(chuàng)造性評述時(shí)的動機(jī)、效果等謹(jǐn)慎地考慮，這是在基因?qū)＠膭?chuàng)造性判斷時(shí)很重要的一個(gè)價(jià)值取向。但是，由于審查員在評述發(fā)明的創(chuàng)造性時(shí)已經(jīng)獲悉了發(fā)明的內(nèi)容，檢索時(shí)是根據(jù)發(fā)明提供的技術(shù)方案逆向查找相關(guān)對比文件，不自覺地容易犯“事后諸葛亮”的錯(cuò)誤。
具體在本申請中，通過本申請檢索到與SEQ ID NO:1的基因可能比較容易，但要想到，在本申請完成以前，本領(lǐng)域技術(shù)人員所面對的是水稻中千千萬萬的基因或基因片段，要找到一個(gè)合適的基因并不是那么容易的。
實(shí)際上，在科技發(fā)展的今天，幾乎每項(xiàng)發(fā)明創(chuàng)造的完成都需要借鑒相關(guān)現(xiàn)有技術(shù)，往往完成發(fā)明創(chuàng)造付出的勞動和發(fā)明創(chuàng)造取得的實(shí)際效果是考察創(chuàng)造性時(shí)值得考慮的因素。
正如本領(lǐng)域技術(shù)人員所知的那樣，即使已經(jīng)獲得了一個(gè)“可能”具有某種功能的基因，要想確定該高等植物基因的功能也不是很容易的工作，特別是將該基因轉(zhuǎn)入植物，驗(yàn)證轉(zhuǎn)基因植物的功能通常需要花費(fèi)大量、繁雜的試錯(cuò)和篩選。
本申請實(shí)施例2-5成功將N端缺乏1-40和1-130個(gè)氨基酸的SEQ ID NO：1的編碼基因?qū)胨荆Ⅱ?yàn)證了轉(zhuǎn)基因水稻具有提高的耐逆性。因此，在現(xiàn)有技術(shù)對發(fā)明技術(shù)方案的得出存在諸多不確定性，并且發(fā)明技術(shù)方案的完成需要大量、繁雜的實(shí)驗(yàn)的情況下，本領(lǐng)域技術(shù)人員并沒有動機(jī)將對比文件1公開的蛋白的基因應(yīng)用到對比文件2中，得到權(quán)利要求1中涉及編碼Δ(1-130)和Δ(1-40)的技術(shù)方案。
（選自國家知識產(chǎn)權(quán)局專利復(fù)審決定號FS34518）
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