歐洲專利的申請程序一般包括：向歐洲專利局(EPO)提出申請并且提出檢索請求及繳納申請費(fèi)和檢索費(fèi)→公布專利申請（優(yōu)先權(quán)日起18個(gè)月 ）→確認(rèn)是否實(shí)質(zhì)審查（公布后6個(gè)月內(nèi)）→授權(quán)→提交生效國。

(1)提出申請、形式審查，提出檢索請求，及檢索報(bào)告公布 
      申請人可以選擇使用英、法、德三種官方語言中的任意一種，向EPO提出專利申請。 
      在提交申請時(shí)，必須提出檢索請求及繳納檢索費(fèi)。對于主張外國優(yōu)先權(quán)的申請，大約1年內(nèi)可收到檢索報(bào)告。 
      自2005年7月1日起， EPO出具“擴(kuò)展的歐洲檢索報(bào)告”(extended European search report，EESR)，在報(bào)告中附加一份對該申請可專利性的初步意見書。該檢索報(bào)告可幫助申請人預(yù)估授權(quán)前景，便于其適時(shí)作出修改或撤回申請案的決定。
 
(2)公布專利申請
      對于通過《巴黎公約》途徑提出的歐洲專利申請，EPO將于自優(yōu)先權(quán)日起18個(gè)月內(nèi)公布專利申請。 
      對于通過PCT途徑提出的歐洲專利申請，如果PCT公開的語言不屬于EPO規(guī)定的官方語言，則該申請將以所提交的歐洲專利申請的語言公開。如果PCT公開的語言已屬于EPO規(guī)定的官方語言，則該申請不需重復(fù)公開。
 
(3)提出實(shí)質(zhì)性審查請求
      對于通過《巴黎公約》途徑提出的歐洲專利申請，申請人應(yīng)在EPO檢索報(bào)告公布日起6個(gè)月內(nèi)提出實(shí)質(zhì)審查請求，同時(shí)需從EPC締約國中指定具體成員國，并交納審查費(fèi)和指定費(fèi)。 
      對于通過PCT途徑提出的歐洲專利申請，申請人應(yīng)在提交歐洲專利申請的同時(shí)提出實(shí)質(zhì)審查請求，同時(shí)需從EPC締約國中指定具體成員國，并繳納審查費(fèi)和指定費(fèi)。如果繳納7份指定費(fèi)，EPC的全部締約國都可被指定。但延伸國的指定費(fèi)需單獨(dú)交納。
 
(4)實(shí)質(zhì)性審查
      在提出實(shí)質(zhì)審查請求后進(jìn)入實(shí)審程序，申請人通常在提出實(shí)審請求后1-3年內(nèi)收到EPO的審查意見。對于每一份申請文件，實(shí)質(zhì)審查部門中相關(guān)領(lǐng)域的審查員將組成三人審查小組，該小組由第一審查員、第二審查員和組長組成。第一審查員主要負(fù)責(zé)分析申請文件，撰寫審查意見通知書，分析申請人的意見陳述和對申請文件所做的修改，建議授權(quán)或決定駁回。第二審查員主要負(fù)責(zé)檢查第一審查員提出的授權(quán)或駁回的建議，檢驗(yàn)將被授權(quán)的最終文本的形式是否正確，同意授權(quán)或駁回，或者將申請文件連同本人的意見一并返回給第一審查員。組長的主要職責(zé)和工作內(nèi)容為檢查第一審查員做出授權(quán)或駁回建議的法律依據(jù)和技術(shù)方面的理由，對申請文件的最終文本做詳細(xì)檢查，同意授權(quán)或駁回，或者將申請文件連同本人意見一并返回給第一審查員。
 
(5)授權(quán)、駁回和異議
      經(jīng)上述審查后，如果至少兩名成員認(rèn)為該申請符合EPC的要求，則該申請可被授權(quán)。申請人選擇同意授權(quán)文本并允許本申請進(jìn)入授權(quán)程序，或?qū)ξ谋净驒?quán)利要求做一定的修改，同時(shí)付授權(quán)費(fèi)并遞交權(quán)利要求的其他兩個(gè)語種的翻譯譯文。另外，需查詢是否已經(jīng)提交優(yōu)先權(quán)證明文件的譯文。上述工作完成后，歐洲專利被正式授權(quán)并發(fā)出授權(quán)證書。 
      如果三人小組考慮駁回該申請，則需告知申請人該申請將被駁回。在答復(fù)審查意見時(shí)，申請人通常是根據(jù)審查員的意見進(jìn)行辯駁或修改申請文件，也可要求啟動(dòng)口頭聽審程序，進(jìn)行面對面的意見陳述。如果審查小組中至少兩個(gè)成員仍然未被說服，則該申請將被駁回。
      授權(quán)決定做出后，異議期為自授權(quán)公告日起9個(gè)月。異議審查小組由三人組成，其中只有一人是原審查員。在歐洲專利被授權(quán)后，除專利權(quán)人以外的任何人可提出異議。
      在歐洲專利申請程序中，申請人可對受理處、審查部、異議部或法律部所作出的決定提出上訴。此外，在歐洲專利的授權(quán)公告日起9個(gè)月后，由生效國的專利局自行處理無效請求。
 
(6)生效
      一般在收到授權(quán)通知后，申請人就必須決定在指定國名單中選擇生效國。根據(jù)各生效國的規(guī)定，通常都需要將專利的全部內(nèi)容翻譯成該國的語言，并提交給該生效國。歐洲專利組織成員國需在授權(quán)公告起3個(gè)月內(nèi)完成翻譯工作并在各國生效。如果申請人未在期限內(nèi)提交譯文，則喪失在該國的專利權(quán)。
 
(7)維持
      完成在不同國家生效的工作后，申請人則擁有不同國家的專利，他們相互獨(dú)立，每一件都需繳納年費(fèi)。